一、有些企業(yè)在利用運(yùn)輸發(fā)票抵扣增值稅方面存在許多問(wèn)題，從稅務(wù)稽查的角度來(lái)看，我們認(rèn)為作為接受運(yùn)輸服務(wù)的企業(yè)，在接受運(yùn)輸服務(wù)取得運(yùn)輸隊(duì)發(fā)票進(jìn)行抵扣增值稅時(shí)，還應(yīng)該重點(diǎn)注意以下六個(gè)方面： 
    其一，注意發(fā)票開(kāi)票單位是否合法。稅法明確規(guī)定，開(kāi)票單位必須是經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)批準(zhǔn)，有自行開(kāi)具運(yùn)輸發(fā)票資格的企業(yè)，或者是主管地稅局以及經(jīng)省級(jí)地稅局批準(zhǔn)委托中介機(jī)構(gòu)代開(kāi)票單位代開(kāi)的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票。凡未經(jīng)地稅局認(rèn)定的納稅人開(kāi)具的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票一律不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。
　　其二，注意驗(yàn)明具有合法身份的單位和個(gè)人所提供的運(yùn)輸票據(jù)是否在法定的期限內(nèi)。舊運(yùn)輸發(fā)票，國(guó)稅發(fā)[2003]120號(hào)文件規(guī)定，納稅人必須于2003年10月31日前向主管地稅局繳回已經(jīng)領(lǐng)購(gòu)的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核界定為自開(kāi)票納稅人的再返還其繼續(xù)使用；未繳回的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票不得開(kāi)具和使用，也不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。因此，納稅人應(yīng)當(dāng)注意檢查其時(shí)效性。 
　　其三，自開(kāi)票納稅人和代開(kāi)票單位必須按照規(guī)定逐欄、如實(shí)填開(kāi)貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票。凡開(kāi)具給增值稅一般納稅人的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，必須填寫(xiě)該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識(shí)別號(hào)。自開(kāi)發(fā)票的，應(yīng)在運(yùn)費(fèi)發(fā)票下方正中央加蓋有開(kāi)票人識(shí)別號(hào)、主管地稅局名稱和代碼等內(nèi)容的“開(kāi)票人專用章”和財(cái)務(wù)專用章。此外，《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)貨物運(yùn)輸業(yè)稅收征收管理有關(guān)問(wèn)題的通知》規(guī)定，如果地稅局代開(kāi)貨運(yùn)發(fā)票時(shí)，應(yīng)加蓋代開(kāi)票地稅局發(fā)票專用章，專用章要有代開(kāi)票地稅局名稱和地稅局代碼，否則不予抵扣增值稅。 
　　其四，申報(bào)抵扣增值稅時(shí)的手續(xù)是否符合規(guī)定。取得的所有需計(jì)算抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的運(yùn)輸發(fā)票，應(yīng)根據(jù)相關(guān)運(yùn)輸發(fā)票逐票填寫(xiě)《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》，增值稅一般納稅人必須填寫(xiě)其中的“取得運(yùn)輸發(fā)票單位名稱及識(shí)別號(hào)”欄，否則，所取得的運(yùn)費(fèi)發(fā)票不能作為增值稅進(jìn)項(xiàng)抵扣憑證。因此，納稅人必須特別注意，在錄入《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》信息采集軟件時(shí)應(yīng)細(xì)心，如果某些地方輸入錯(cuò)誤，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)與開(kāi)具的電子信息比對(duì)不符，那么該筆運(yùn)輸發(fā)票的進(jìn)項(xiàng)稅額不得抵扣。增值稅一般納稅人取得的內(nèi)海及近海貨物運(yùn)輸發(fā)票，可暫填寫(xiě)在《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》內(nèi)河運(yùn)輸欄內(nèi)。 
　　其五，增值稅一般納稅人取得稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)定為自開(kāi)票納稅人的聯(lián)運(yùn)單位和物流單位開(kāi)具的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票準(zhǔn)予計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。準(zhǔn)予抵扣的貨物運(yùn)費(fèi)金額是指自開(kāi)票納稅人和代開(kāi)票單位為代開(kāi)票納稅人開(kāi)具的貨運(yùn)發(fā)票上注明的運(yùn)費(fèi)、建設(shè)基金和現(xiàn)行規(guī)定允許抵扣的其他貨物運(yùn)輸費(fèi)用；裝卸費(fèi)、保險(xiǎn)費(fèi)和其他雜費(fèi)不予抵扣。貨運(yùn)發(fā)票應(yīng)當(dāng)分別注明運(yùn)費(fèi)和雜費(fèi)，對(duì)未分別注明，而合并注明為運(yùn)雜費(fèi)的不予抵扣。 
　　其六，申報(bào)抵扣增值稅的時(shí)間是否符合規(guī)定。納稅人取得的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，可以在自發(fā)票開(kāi)具日90天后的第一個(gè)納稅申報(bào)期結(jié)束以前申報(bào)抵扣，超過(guò)90天的不得予以抵扣。
二、另外還有一些特殊情況的運(yùn)輸發(fā)票抵扣
1、鐵路貨票。鐵路貨物運(yùn)輸中多存在：有的納稅人自身運(yùn)輸量少，無(wú)法以本公司名義向鐵路局單獨(dú)申請(qǐng)車(chē)皮計(jì)劃，故多被鐵路局歸并至一集合戶名下；或因自身貨物需盡快發(fā)送，而借用他公司已申請(qǐng)但尚未使用的車(chē)皮計(jì)劃，等情形（其詳盡原因已超出筆者的知識(shí)掌控范圍，只能簡(jiǎn)要述其可能大意），而此時(shí)就會(huì)導(dǎo)致取得的鐵路貨票上有兩個(gè)公司名稱，如：
  實(shí)例1：某企業(yè)由河南購(gòu)入煤炭，取得的鐵路貨票上為“河南玉泉煤炭銷(xiāo)售有限公司轉(zhuǎn)客戶公司名稱”，稅務(wù)局不予抵扣，理由是收貨人名稱不是、至少第一收貨人名稱并不是購(gòu)煤企業(yè)。客戶每年支出大額此項(xiàng)貨物運(yùn)輸費(fèi)用，相應(yīng)進(jìn)項(xiàng)稅額的損失自然相當(dāng)大。
    一般納稅人購(gòu)進(jìn)或銷(xiāo)售貨物（東北以外地區(qū)固定資產(chǎn)除外）通過(guò)鐵路運(yùn)輸，并取得鐵路部門(mén)開(kāi)具的運(yùn)輸發(fā)票，如果鐵路部門(mén)開(kāi)具的鐵路運(yùn)輸發(fā)票托運(yùn)人或收貨人名稱與其不一致，但鐵路運(yùn)輸發(fā)票托運(yùn)人欄或備注欄注有該納稅人名稱的（手寫(xiě)無(wú)效），該運(yùn)輸發(fā)票可以作為進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣憑證，允許計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。