水溶性生物堿如用親脂性有機溶劑提取法提不出，仍留在原料中；如用水或酸水提取法以及醇類提取法可被提出，但進一步處理后則留在堿水中，將其從堿水中分出，可用以下方法處理。
　　·沉淀法
　　將堿水液用酸調(diào)ph弱酸性，加生物堿的沉淀試劑，使水溶性生物堿與試劑生成不溶于水的復(fù)合物或鹽而析出，濾取沉淀，凈化、分解即得水溶性生物堿。實驗室常用的雷氏銨鹽沉淀法，具體操作是將堿水液加鹽酸調(diào)至ph 2 左右，加入新鮮配制的雷氏銨鹽飽和水溶液，濾集生成的生物堿雷氏鹽沉淀，用少量水洗滌1～2次，抽干。將沉淀溶于丙酮（或乙醇），濾除不溶物，再將此丙酮液通過氧化鋁柱凈化，并用丙酮洗脫，收集丙酮洗脫液，向其中加入硫酸銀飽和水溶液。也可不經(jīng)過氧化鋁柱凈化直接向生物堿雷氏鹽丙酮溶液中加入硫酸飽和水溶液，使生物堿雷氏鹽分解，生成生物堿硫酸鹽和雷氏銀鹽沉淀，過濾后再向濾液中加入計算量氯化鋇溶液，生成生物堿鹽酸鹽和硫酸鋇沉淀，過濾，濾液蒸干即得水溶性生物堿鹽酸鹽，整個反應(yīng)過程以反應(yīng)式表示如下。
　　b ＋ nh [cr(scn) (nh ) ] b[cr(scn) (nh ) ]↓ ＋ nh
　　2b[cr(scn) (nh ) ] ＋ ag so 2ag[cr(scn) (nh ) ]↓＋b so
　　b so ＋ bacl 2bcl ＋ baso ↓
　　b ＝季銨生物堿陽離子
　　也可將生物堿雷氏鹽丙酮液通過氯離子型陰離子交換樹脂柱，直接得到生物堿的鹽酸鹽。
　　r cl ＋ b [cr(scn) (nh ) ] r [cr(scn) (nh ) ] ＋ b cl
　　rcl＝氯離子型陰離子交換樹脂
　　如用磷鎢酸、硅鎢酸作沉淀劑時，所得的生物堿復(fù)合物沉淀用氫氧化鋇或氫氧化鈣分解。如用重金屬鹽作沉淀劑，則所得的生物堿沉淀物可通硫化氫氣體分解。
　　·溶劑法
　　水溶性生物堿可溶于與水不相混溶的極性有機溶劑，可用這些溶劑從水中將水溶性生物堿萃取出來。
　　·離子交換樹脂法
　　用陽離子交換樹脂，用堿水洗脫得游離堿、用酸水洗脫得生物堿鹽。